Как правило, керн-терьеры очень здоровые собаки. Изредка наблюдаются наследственные  заболевания, типа болезни фон Виллебрандта -  болезни крови, подобно гемофилии.

Чаще всего у керн-терьеров встречается аллергия на укусы блох. Народный рецепт против этой напасти — добавлять чайную ложку томатной пасты в корм  при каждом приеме пищи. Но гораздо эффективнее применять профилактические меры. Бытует мнение, что темно-окрашенные керн-терьеры  намного меньше склонны к аллергии на укусы блох.

Подобно другим мелким собакам, керны имеют склонность к вывиху коленной чашечки. Это происходит при ослаблении связок коленной чашечки. Заболевание может диагностировать ветеринар во время обычного осмотра. Болезнь бывает различной степени: от отсутствия ограничения движения до полной невозможности собаки опираться на больную лапу. К счастью, в большинстве случаев заболевание не настолько серьезно и лечится различными хирургическими методами.