У афганских овчарок допускаются все окрасы, кроме пятнистого. Не одобряется также белый окрас или белые отметины, особенно на морде и голове. Чаще всего встречаются окрасы: черный, черный с рыжими подпалинами, рыжий с черной маской, золотистый, кремовый. Один из плюсов у этой породы как раз то, что собаки могут быть окрашены в целую радугу цветов и оттенков.
Кроме обычных окрасов, афганские борзые могут быть приглушенного серо-голубого, тигрового всех оттенков, серебристо-сливочного, и различных комбинаций, с маской или без. Один из самых необычных окрасов собаки - «домино»: на голове шапка, ограниченная «лицом» собаки, на котором может быть, а может и не быть крест (глаза - спинка носа). Шапка стекает на плащ или попону, которые закрывают спину и бока собаки, и частично уходят на хвост.
У афганов любого окраса должны быть темные глаза, нос и губы. Глаза могут быть золотистого тона, что связано с тигровым окрасом, но не допускаются глаза голубого цвета или «разноглазие». То же касается и цвета мочки носа: она может быть коричневой, но не пятнистой. Однако слишком осветленная мочка носа крайне нежелательна. При голубом или сером окрасе мочка носа может быть цвета шифера.
