После вылупления из яйца, самка игнорирует птенца (не кормит и не обогревает, отодвигая от оставшихся яиц) и через некоторое время самец избавляется от него, выбрасывая из гнезда. Это уже вторая кладка - результат одинаков. Вообще создается впечатление, что вылупление птицы воспринимают, как некий дефект высиживания. Проклевывающийся птенец вызывает у них беспокойство. Как будто они не знают, что теперь делать...
Инкубация проходит нормально - сроки не затягиваются. 13-14 дней. Процент неоплодотворенных яиц невелик - примерно 2 из 6. Самец старше самки. Птицы из разных гнезд.

Такое поведение иногда встречается среди амадин, за исключением японских, которым и следует подложить в гнездо снесенные яйца... Других способов в литературе не предложено.
На будущее, можно попробовать заменить одного из партнеров.